人類が誕生する遥か昔、黄色い生物としてミニオンは誕生した。長い年月をかけて進化しながら、絶え間なくその時代の最も強いボスに仕えてきた。Tレックスからナポレオンなどあらゆるボスに仕えてきたが、失敗ばかりで長続きしない。やがて仕えるボスがいなくなり、ミニオンたちは生きる目的を見失ってしまう。ミニオン滅亡の危機が迫る中、兄貴肌のケビン、バナナのことで頭がいっぱいのスチュアート、そして弱虫のボブが仲間たちを救うべく立ち上がった。極寒の南極からニューヨーク、そして流行の最先端を行くロンドンへ――新たな最強最悪のボスを探しに、ミニオンズの壮大な旅が始まる。